广西金秀汇萃本草瑶药产业有限公司的经营模式主要为“公司+基地+合作社+农户”。具体来说，该公司的经营模式具有以下特点：
一产方面：
建立药材种植基地，依托大瑶山“天然药库”中药材优势，培育优质中药材种苗，把控中药材种苗源头。例如，公司在金秀县拥有269亩瑶药材种苗基地（104种品种）、4900亩瑶药材种植基地，35000亩林下种植基地，主要种植鸡血藤、佩兰、牛大力、五指毛桃等多种中草药，丰产期年产值约2亿元。
带动农民利用林下资源种植药材，扶植脱贫攻坚计划道路。公司积极带动企业入驻地牵头成立合作社，免费开展瑶药种植技术培训、免费发放瑶药种苗，发动当地农民发展瑶药种植，共带动成立合作社5家，发展瑶药种植5万多亩，带动8000多人发展瑶药种植。
二产方面：
构建产品生产线，研发多品类产品。汇萃本草在金秀县瑶医药企业孵化基地拥有4000多平方瑶药浴产品生产线，目前年产瑶药浴粉600吨，瑶药浴液100吨。其研发产品类别涵盖瑶药浴综合调理系列产品、小儿瑶浴系列、瑶药本草枕头、外用酒、头疗粉以及瑶茶（代用茶）系列。不断创新，例如新研发的新型瑶浴hgi氢素泡腾片，突破了传统瑶药浴包的缺点，采用新工艺高浓缩提取瑶药活性成份后再加入hgi氢素制成泡腾片，方便使用和运输，且能更充分发挥药效。
三产方面：
打造森林康养示范园。在金秀大瑶山黄金地带，建造集旅游、度假、康养为一体的森林康养示范园，同时也是金秀县特色文旅的核心景区。森林康养示范园建立了瑶药研发中心，培养了全国最大瑶族文化直播素材基地，竭力打造世界5a级度假康养中心，用“旅游+康养+度假”创新模式，大力发展瑶族文化，形成以瑶药为中心的生态养生大健康产业体系。
此外，该公司还集瑶药材种苗培育、种植和大健康产品研发、生产、销售及相关康养服务为一体，通过布局一、二、三产业融合发展，不断完善自身产业链。同时，注重与高校（科研机构）合作，如与广西民族大学、广西科技大学、广西药物研究院、北京俊苗山民族医学研究院、广西科技师范学院等5所高校（科研机构）缔结了战略合作关系，通过校企合作深化产学研融合，取得多项技术成果和专利。
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